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我國衛生部頒布的食品微生物指標有菌落總數、大腸菌群和致病菌三項。
1、菌落總數
菌落總數就是指食品檢樣歷經處置，在相應條件下培養后所得的1g或1mL檢樣中所含細菌菌落的總數。它可以反應食品的新鮮程度、被細菌污染的程度、加工過程中食品是不是變質和食品生產的通常衛生狀況等。因而它是分辨食品衛生質量的重要環節其一。
2、大腸菌群
大腸菌群主要包括大腸桿菌和產氣桿菌的一些中間類型的細菌。這種細菌是寄居于人及溫血動物腸道內的腸居菌，它隨之的大便排出體外。食品中假如大腸菌群數越多，表明食品受糞便污染的程度越大。故以大腸菌群做為糞便污染食品的衛生指標來評判食品的質量，具備廣泛的意義。
3、致病菌
致病菌既可以造成人們發病的細菌。對不一樣的食品和不一樣的場合，應當挑選相應的參考菌群開展檢驗。比如：海產品以副溶血性弧菌做為參考菌群，蛋與蛋制品以沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、變形桿菌等做為參考菌群，米、面類食品以蠟樣芽孢桿菌、變形桿菌、霉菌等做為參考菌群，罐頭食品以耐熱性芽孢菌做為參考菌群等。
